การจัดแสดงทั้งหมดแบ่งออกเป็น 6 โซน

โซนที่ 1 ตามรอยพระพุทธเจ้าหลวงเสด็จประพาสต้นมณฑลนครสวรรค์ 

โซนที่ 2 จำลองร้านค้าเก่าแก่

โซนที่ 3 ป้ายเก่าเล่าเรื่องเมือง

โซนที่ 4 นิทรรศการ เมืองปากน้ำโพ

โซนที่ 5 แผนที่ ชุมทางการค้า เมืองปากน้ำโพ

โซนที่ 6 เล่าเรื่องเมืองปากน้ำโพ

สามารถดูเรื่องราวของพิพิธภัณฑ์ ปากน้ำโพ ผ่านทางรายการ superfast ทาง Youtoub